Школа была открыта в 1967 году как неполная средняя.
В газете "Комсомольская правда" была опубликована заметка об открытии школы. На фотографии в газете выпускник школы 1973 года Фатахутдинов Альберт Харисович, ныне кандидат медицинских наук, врач-отоларинголог, работает в госпитале ветеранов войн.
С 1973 года - полная средняя общеобразовательная школа.
Директора школы:
1967-1970 гг - Кузнецов Александр Андреевич
1970-1975 гг - Новикова Юлия Петровна
1975-1976гг – и.о. директора Богаткевич Раиса Ивановна
В 1976 году директором назначена Валентина Сергеевна Николаева. Молодая, энергичная, целеустремленная она быстро организовала команду таких же решительных и увлеченных педагогов. И школа становится одной из лучших школ района, округа и города Москвы
Незабываемые поездки в трудовые лагеря Краснодарского края, обмен делегациями с учащимися города Берлина, встреча с космонавтом Георгием Гречко, артистом Игорем Костолевским.
В 1984 году – открылся школьный музей «Истории двух Московских школ».
В 1988 году распоряжением Совета Министров РСФСР от 27.12.1988г. школе присвоено имя великого педагога и писателя А.С. Макаренко. В том же году были учреждены школьные награды: значок "Макаренковец" и грамота "Поручительство чести".
с 1991 года школа -многопрофильная экспериментальная площадка.
Школа награждена дипломами лауреата конкурса «Школа года» (1995, 1996, 1997, 2003 гг).
В 2000 г. школа – лауреат Первого Всероссийского конкурса «Трудовая слава России – 2000».
В 2000 г. школе присвоено почетное звание «Школа века»
В 1997 году – В гостях на празднике «За честь школы присутствовал Явлинский Г.А. – сын Явлинского А.Г., воспитанника А.С. Макаренко.
Школа – дважды победитель конкурса общеобразовательных учреждений, внедряющих инновационные образовательные программы 2006, 2008 год.
В 2009 году школе присвоен статус Центра образования.
По итогам 2012-2013 учебного года школа вошла в Топ-400 лучших школ г. Москвы.
В 2013 году гостями школы были:
Летчик-космонавт Виктор Васильевич Горбатко
Член Законодательного собрания г. Санкт-Петербурга, сын воспитанника А.С. Макаренко Г.А. Явлинский
Президент Международной макаренковской ассоциации Никола Сичилиани де Кумис
28 августа 2014 года образовательное учреждение реорганизовано в форме слияния с д/с № 519 и 632 в Государственное бюджетное общеобразовательное учреждение «Школа № 656 имени А.С. Макаренко»
на основании приказа ДОгМ №824 от 10.12.2013 "О реорганизации государственных образовательных организаций, подведомственных Северному окружному управлению образования Департамента образования города Москвы"
13 августа 2015г к школе присоеднено ГБОУ СОШ №208, включая ДОУ №1548.